近日，康奈尔大学BoyceThompson植物研究所费章君研究组和美国农业部ARSKai-ShuLing研究组获得了葫芦高质量基因组序列，为葫芦科进化及番木瓜环斑病*（PRSV）抗性位点比对提供了新的信息。研究结果于年9月23日在线发表于《ThePlantJournal》上。
葫芦（Lagenariasiceraria）是重要的蔬菜作物。本研究报道了一个.4Mb的葫芦自交系（USVL1VR-Ls）高质量基因组序列，scaffold的N50为8.7Mb，最长scaffold为19.0Mb。约98.3%的组装scaffold被锚定到11个人工分子上。比较基因组分析鉴定了葫芦和其他瓜类之间染色体水平的同线关系，以及葫芦中的谱系特异的基因家族扩展。我们重建了葫芦科共同祖先的基因组，揭示祖先葫芦科核型由12个具有18,个原基因的原染色体组成。这12个原染色体大部分保留在现代甜瓜基因组中，而在其他瓜类基因组中则经历了不同程度的shuffling。11个葫芦染色体来自祖先的葫芦科核型，具有19个染色体裂变和20个融合。葫芦基因组序列促进了一个显性单基因位点Prs比对到1号染色体上的.8kb区域，Prs可赋予葫芦具番木瓜环斑病*（PRSV）抗性。研究人员开发了与Prs基因位点紧密关联的酶切扩增多态性序列（CAPS）标记，并证明其在葫芦对PRSV抗性的标记辅助选择中的潜在应用。本研究为葫芦科基因组进化古史提供了新的观点，并且葫芦的高质量基因组序列可为植物比较基因组学研究及葫芦改良提供有用的信息。
Figure1.Genomiclandscapeofbottlegourd.
Figure2.Cucurbitaceaeevolutionaryhistory.
Figure3.MappingofthePrslocusinbottlegourd.
费章君
Ph.D
AssociateProfessor,BTI
ResearchAreas:GenomicsandSystems
ResearchOverview
Thedevelopmentofhighthroughputtechnologieshasgivenrisetoawealthofinformationatsystemlevelincludinggenome,transcriptome,proteomeandmetabolome.However,itremainsamajorchallengetodigestthemassiveamountsofinformationanduseitinanintelligentand
